目前内部组织机构设有职能部门：办公室、会员部、财务部、信息网络部、培训部、法务部。

专科医师分会共88个，已成立的分会有：口腔医师分会、医疗风险管理分会、中医医师分会、超声影像科医师分会、消化内科医师分会、呼吸内科医师分会、心血管内科医师分会、儿科医师分会、放射医师分会、外科医师分会、精神科医师分会、病理医师分会、神经外科医师分会、感染病医师分会、检验医师分会、眼科医师分会、急诊医师分会、骨科医师分会、皮肤科医师分会、耳鼻咽喉科医师分会、肿瘤科医师分会、康复医学科医师分会、内分泌与代谢医师分会、老年医学医师分会、风湿免疫医师分会、肾脏内科医师分会、麻醉医师分会、全科医师分会、泌尿外科医师分会、重症医学科医师分会、烧伤外科医师分会、营养科医师分会、胸外科医师分会、输血科医师分会、血液科医师分会、胸部肿瘤医师分会、神经内科医师分会、肛肠科医师分会、整形美容医师分会、血管外科医师分会、精准医学医师分会、疝与腹壁外科医师分会、肝脏病科医师分会、乳腺专科医师分会、甲状腺专科医师分会、胃肠外科医师分会、心血管外科医师分会、内科医师分会、智慧医疗专业分会、妇产科医师分会、男科医师分会、加速康复医学医师分会、新生儿科医师分会、核医学医师分会、疼痛科医师分会、介入医师分会、基层医师分会、手外科医师分会、急救复苏专业委员会、胃肠肿瘤专业委员会、妇科肿瘤专业委员会、结核病专业委员会、肥胖与代谢病外科专业委员会、医务管理专业委员会、毕业后医学教育工作委员会、等离子医疗专业委员会、变态反应专业委员会、心脏重症专业委员会、糖尿病专业委员会、心力衰竭专业委员会、淋巴瘤专业委员会、骨质疏松症和骨矿盐疾病工作委员会、儿童健康专业委员会、消化内镜专业委员会、创伤外科专业委员会、脑血管病专业委员会、高血压专业委员会、智能与数字外科专业委员会、结直肠肿瘤专业委员会、放射肿瘤治疗专业委员会、神经肿瘤专业委员会、炎症与免疫性疾病专业委员会、盆底整合康复专业委员会、肿瘤免疫治疗专业委员会、内镜微创保胆专业委员会、神经调控专业委员会、儿童颜面管理专业委员会、心血管疾病预防与康复专业委员会